Madrid Protokolü çerçevesindeki uluslar arası başvurularda birisi Türk Patent Enstitüsü'ne ve diğeri Dünya Fikri Mülkiyet Teşkilatı'na (WIPO) olmak üzere, iki ayrı ücret ödenmesi gerekmektedir. TPE'ye ödenmesi gereken uluslar arası marka başvurusu işlem ücreti 220 YTL'dir. WIPO'ya ödenmesi gereken uluslar arası başvuru ücreti ise, markanın renkli olup olmamasına, mal ve hizmetlerin kapsadığı sınıf sayısına ve belirlenen ülkelere göre değişmekte olup bu ücretin toplamı WIPO'ya ödenir.